Sekretariat Dinas Perhubungan dipimpin oleh seorang Sekretaris yang berkedudukan dibawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Dinas yang mempunyai tugas pokok merencanakan operasional, mengelola, mengoordinasikan, mengendalikan, mengevaluasi dan melaporkan urusan umum, keuangan perencanaan, evaluasi dan pelaporan.

Dalam melaksanakan tugas pokok sebagaimana dimaksud pada ayat (1), Sekretaris mempunyai fungsi :

1. Perencanaan operasional urusan umum, keuangan serta pengelolaan perencanaan, evaluasi dan pelaporan;
2. Pengelolaan urusan umum, keuangan, perencanaan, evaluasi dan pelaporan;
3. Pengendalian, evaluasi dan pelaporan urusan umum, keuangan serta pengelolaan perencanaan, evaluasi dan pelaporan; dan pengkoordinasian urusan umum, keuangan, perencanaan, evaluasi dan pelaporan Dinas Perhubungan

Dalam melaksanakan fungsi sebagaimana dimaksud pada ayat (2), Sekretaris mempunyai uraian tugas :

1. Menyelenggarakan dan mengkoordinasikan kegiatan penyusunan rencana strategis (RENSTRA) dan rencana kerja (RENJA) Dinas Perhubungan;
2. Menyelenggarakan proses perencanaan kegiatan dan anggaran lingkup Sekretariat;
3. Menyelenggarakan pembagian dan pengarahan tugas serta evaluasi kepada bawahan;
4. Menyelenggarakan kegiatan tata warkat, kehumasan dan dokumentasi, Menyelenggarakan kegiatan urusan kerumahtanggaan, Menyelenggarakan kegiatan pengelolaan kepegawaian lingkup Dinas Perhubungan dan Menyelenggarakan dan mengkoordinasikan kegiatan pengelolaan administrasi perjalanan dinas;
5. Menyelenggarakan dan mengoordinasikan penyusunan rencana kebutuhan, proses pengadaan dan pengelolaan barang dan jasa dan Menyelenggarakan kegiatan penatausahaan barang Dinas Perhubungan;
6. Menyelenggarakan dan mengkoordinasikan kegiatan penatausahaan keuangan Dinas Perhubungan, Menyelenggarakan kegiatan verifikasi dokumen pertanggungjawaban keuangan Dinas Perhubungan, dan Menyelenggarakan kegiatan pelaporan keuangan Dinas Perhubungan;
7. Menyelenggarakan dan mengoordinasikan kegiatan penyusunan dokumen perencanaan Dinas Perhubungan;
8. Menyelenggarakan dan mengoordinasikan kegiatan penyusunan evaluasi program dan kegiatan Dinas Perhubungan;
9. Menyusun dokumen pelaporan Dinas Perhubungan;
10. Menyusun Laporan Kinerja Instansi Pemerintah (LAKIP) Dinas Perhubungan setiap akhir tahun;
11. Melaksanakan evaluasi terhadap seluruh pelaksanaan kegiatan Sekretariat; dan
12. Menyusun laporan kegiatan dan pertanggungjawaban keuangan Sekretariat dengan akurat dan tepat waktu.